Doornappel is een giftig onkruid met zeer kiemkrachtige zaden, waardoor het moeilijk te bestrijden is. Alle delen van de plant zijn giftig. Gebruik dus steeds handschoenen als je de plant uittrekt.
De bolster blijft doorrijpen en kan openspringen, ook wanneer je de plant uittrekt. Bovendien zijn de zaden thermoresistent en kunnen ze dus een composteringsproces overleven.
Kleine hoeveelheden doornappel kan je verpakt bij het restafval gooien. Met grote hoeveelheden kan je vanaf mei naar het recyclagepark. Laat de parkwachter steeds weten dat het om doornappel gaat.