Newsletter n°3, Juillet 2012
           
 
Direction de la documentation
Pôle Information Scientifique et Technique

École des Ponts ParisTech
  
 
Dans ce numéro :
 
- Dossier sur les réseaux sociaux avec et pour les chercheurs

- Présentation de 2 outils de gestion de références bibliographiques

- Retour sur l'actualité de l'Open Access
Une question ?

Si vous souhaitez qu'un point particulier soit abordé dans cette newsletter, n'hésitez pas à nous en faire part.


 
01 64 15 34 62

Pôle IST de la Direction de la Documentation, des Archives et du Patrimoine
 
 
 
 

 


 
Vous avez été nombreux à réagir au dossier de la newsletter précédente consacré à l'Open Access, preuve de l'intérêt des chercheurs de l'Ecole des Ponts pour le partage et la diffusion large des connaissances.
C’est donc avec enthousiasme que nous vous proposons un dossier sur les outils collaboratifs du web avec un focus particulier sur 2 outils de gestion de références bibliographiques qui en plus d’aider à la collecte et à la conservation de références, en plus aussi de permettre la génération rapide de bibliographies, permettent le travail collaboratif. Il s’agit de Mendeley et Zotero dont les fonctions collaboratives sont trop peu connues des chercheurs de l’Ecole.

Enfin, nous reviendrons sur l’actualité liée à l’Open Access, les choses ayant quelque peu avancé ces derniers mois, notamment en Grande-Bretagne et aux Etats-Unis.
Les chercheurs sont connectés : petit tour d’horizon des outils de collaboration en ligne
Les moyens mis à disposition des chercheurs pour communiquer, échanger des idées, des données et des références bibliographiques foisonnent sur le Web. Il est impossible de les nommer tous ici tant ils sont nombreux et variés dans leurs objectifs et la forme qu’ils revêtent. Notre objectif : démontrer la pertinence de certains d’entre eux et vous présenter 2 outils très complets.
 
Il existe depuis plus de 10 ans déjà des blogs scientifiques ou des sites de laboratoires tenus comme des blogs, qui permettent aux chercheurs d’une équipe de faire connaître leur activité et d’en débattre. Ce procédé contribue aussi à construire une identité numérique (une e-réputation) sur le web pour le chercheur qui s’y attelle et qui l’alimente avec régularité. Les anglo-saxons ont beaucoup contribué à populariser ce media et il existe désormais des sites spécialisés dans l’agrégation de blogs scientifiques afin d’en signaler les meilleurs billets via leur interface. Researchblogging est  l’un des plus populaires en la matière : il signale des billets, dont la qualité du blog source a été validée en amont. Ainsi seuls sont enregistrés les blogs dont les billets sont régulièrement des discussions à propos d’articles revus par des pairs. On peut citer aussi ScienceBlogs et C@fé des sciences parmi les autres agrégateurs de blogs et signaler aussi la plateforme Hypotheses.org qui permet aux chercheurs en SHS de créer des carnets de recherche en ligne (exemple du carnet Energies, Villes et Territoires LATTS/LVMT).
Avec l’avènement des réseaux sociaux, les chercheurs ont eux aussi profité des fonctionnalités de partage qui leur ont été offertes.
       Des chercheurs dans les réseaux sociaux...
Il y a bien sûr les réseaux sociaux généralistes comme ViadeoLinkedInGoogle+Facebook ou Twitter qu’un grand nombre de chercheurs se sont appropriés pour échanger des idées et surtout des publications, les leurs ou celles d’autres scientifiques. Il faut dire que l’impact d’un tweet peut être spectaculaire : Terras (2012) a mené l’expérience sur plusieurs mois et a constaté une explosion du nombre de téléchargements des papiers déposés dans l’archive ouverte de son université et dont elle a signalé la référence sur son compte Twitter et sur son blog, qu’elle avait déjà ouverts depuis quelque temps. Elle en conclut donc, chiffres à l’appui, qu’avec une présence numérique sur le web de l’auteur, un dépôt en archive ouverte signalé sur les réseaux sociaux bénéficie d’une visibilité accrue :
 
« If (social media interaction is often) then
(Open access + social media = increased downloads) » (Terras 2012)
 
Certains éditeurs ont d’ailleurs développé des « fonctionnalités sociales » en ouvrant des espaces de commentaires et de débats directement sur leur site à l’instar de PLoS ou BioMedCentral.
Ces grandes plateformes généralistes permettent également aux chercheurs d’interagir avec des amateurs intéressés par leur sujet, même s’ils ne sont pas des scientifiques. C’est parfois même l’occasion de les mobiliser et de tirer profit de leur nombre et de leur motivation pour tenter de résoudre un problème et des sites dédiés sont alors créés : cela peut aller du déchiffrage de papyrus sur AncientLives à la mise à disposition d’une partie de la puissance de son ordinateur avec le projet SETI@home. On parle alors de science participative ou de science citoyenne, à lire dans le dossier spécial de Courrier International (mars 2012).
Toutes ces plateformes sur Internet sont aussi un excellent moyen de faire connaître sa recherche auprès d’entreprises qui cherchent à initier des partenariats (voir l’article du Monde sur l’Open Innovation ou l’innovation ouverte, 12 juin 2012).
 
Ceci étant dit, pour une discussion voire une évaluation du travail entre pairs, la communauté scientifique se retrouve dans des réseaux dédiés.
       ... des réseaux sociaux pour les chercheurs
Les chercheurs sont invités à s’inscrire sur des plateformes pluridisciplinaires et à s’organiser autour de groupes dont ils définissent eux-mêmes la thématique. Ils peuvent ainsi échanger avec leurs pairs sur des sujets très pointus mais se voient aussi proposer des fonctionnalités de recherche qui favorisent l’interdisciplinarité qu’il est parfois difficile à mettre en œuvre dans « la vraie vie ».
Parmi ces Facebooks pour chercheurs, on peut en citer deux : ResearchGate (créé par une start-up berlinoise) et MyScienceWork (créé par une jeune chercheuse française à l’issue de sa thèse).
Un chercheur se crée alors un profil avec tous les détails liés à son parcours professionnel et ses publications et ajoute à ses contacts les membres avec qui il partage les mêmes centres d’intérêt. Et ce qui différencie ces plateformes de Facebook, c’est la possibilité de déposer et partager des documents de travail ou des publications en Open Access. En plus de ces dépôts, ResearchGate comme MyScienceWork proposent d’interroger directement depuis leur site des bases de références bibliographiques qu’ils ont indexées, avec éventuellement le lien vers le texte intégral s’il provient d’une archive ouverte. ResearchGate revendique sur sa page d’accueil plus d’1,7 million de membres.
 
A côté de ce type de plateformes, on trouve des outils spécifiquement dédiés au partage de données :
- des vidéos sur SciVee, qu’il s’agisse des interventions d’une conférence ou de clips explicatifs élaborés par des chercheurs ; ces derniers peuvent être associés à une publication (pubcast) ou à un poster (postercast)
- des workflows sur myExperiment, autrement dit le schéma du raisonnement ou des étapes d’un projet afin de faire gagner du temps à d’autres chercheurs qui auraient à initier une démarche identique
- des données sur FigShare, sous forme de tableaux, de graphiques, de photos ou encore de vidéos, afin que les résultats d’un chercheur puissent profiter à d’autres qui pourront le citer aisément grâce à cet outil. Le partage peut être différé et Figshare peut être utilisé comme une plateforme de stockage de données en cours d’exploitation, disponibles depuis n’importe quel ordinateur.
 
Ces plateformes web d’échange, à disposition des chercheurs, sont très nombreuses et le choix de l’une d’entre elles sera guidé par des besoins et des habitudes de travail variables d’une équipe à une autre.
En revanche, il est certain que tous les chercheurs sont confrontés à la gestion de leurs références bibliographies et/ou des documents associés. C’est pour cette raison que nous vous proposons une présentation de 2 outils qui se distinguent des réseaux sociaux que l’on vient de voir parce qu’ils sont avant tout des outils de gestion de références bibliographiques mais qui sont aussi bien plus puissants que les outils classiques de cette catégorie parce qu’ils proposent des fonctionnalités sociales qui permettent le travail collaboratif : il s’agit de Mendeley et Zotero. Ils peuvent tous les 2 être une porte d’entrée vers le réseautage en ligne et la mise en oeuvre d’une stratégie de valorisation des travaux sur le web.
Mendeley et Zotero : le compromis idéal entre gestion et partage
Rappelons d’abord que ces 2 outils permettent, comme beaucoup d’autres, d’importer des références bibliographiques depuis un fichier d’export mais surtout depuis le web grâce à des extensions faciles à installer dans les navigateurs et grâce à de très nombreux sites partenaires, d’y adjoindre éventuellement le texte intégral, d’organiser le tout en dossiers et sous-dossiers, et enfin de gérer les citations dans Word ou OpenOffice et de construire automatiquement une bibliographie selon des dizaines de styles différents. Tous les 2 ont maintenant une version standalone, c’est-à-dire qui peut être installée sur une machine, tout en permettant la synchronisation avec son compte en ligne pour une éventuelle consultation en mode nomade. Ils proposent aussi d’indexer le texte intégral de tous les documents et donc de pouvoir rechercher dedans. Il faut aussi penser à utiliser leur capacité d’export en BibTex afin de pouvoir faire un import rapide dans HAL par un simple copier-coller ici (après authentification) qui ne nécessitera plus que quelques retouches avant de valider le dépôt.
Par ailleurs, un chercheur inscrit peut décrire ses centres d’intérêts et son activité de recherche comme sur les plateformes dédiées citées plus haut et peut partager tout ou partie de sa bibliothèque en constituant des groupes auxquels d’autres pourront adhérer. Il est possible de constituer un groupe privé pour quelques personnes qui rédigent par exemple un document à plusieurs et qui vont donc générer une bibliographie commune.
Mendeley permet même le partage de PDFs (dans des groupes privés) et l’annotation des documents (commentaires et surlignage) à plusieurs.
Difficile de conseiller sans nuance l’un des 2 outils, surtout qu’ils ont l’avantage tous les 2 de permettre la collecte de références issues d’une requête faite sur notre nouveau moteur de recherche avancée search.enpc.fr (mise en oeuvre prochaine par la DSI de l'Ecole). Nous avons cependant un penchant pour Mendeley, même s’il est regrettable que ce ne soit pas un outil Open Source. Mais ses capacités de gestion très performantes et ses fonctionnalités collaboratives optimales en font un allié précieux du chercheur à la fois pour le stockage et le repérage de nouveaux documents.
Malgré tout, chacun peut trouver son compte dans l’un des 2 outils dont nous donnons objectivement les plus de chacun ci-dessous.
 
Les plus de Mendeley
- pouvoir mettre sous surveillance un dossier de son ordinateur : tous les fichiers PDFs qui y seront déposés seront ajoutés à la bibliothèque
- existe en version iPad et iPhone
- pouvoir partager des PDFs dans un groupe privé
- pouvoir annoter et surligner les PDFs partagés dans un groupe privé et voir les annotations des autres membres autorisés, pouvoir exporter toutes ces annotations
- pouvoir gérer sa bibliothèque et ses groupes aussi bien depuis la version web que depuis son ordinateur
- connaître les statistiques de téléchargements et de lectures des documents partagés
- pouvoir alimenter un fichier BibTex et le mettre à jour automatiquement pour toute nouvelle référence ajoutée (non testé)
- permet de vérifier depuis l’interface web si un article est disponible via les abonnements électroniques de l’Ecole des Ponts
- repère automatiquement les références susceptibles d’être des doublons
- pouvoir renommer les fichiers PDFs automatiquement et les réorganiser toujours automatiquement dans des dossiers et sous-dossiers de son ordinateur
 
 
Les plus de Zotero
- pouvoir établir des liens entre 2 références
- pouvoir créer un dossier de recherche intelligent, autrement dit, alimenté automatiquement selon des critères déterminés (mais dommage que l’on ne puisse pas alimenter un groupe automatiquement…)
- capture parfaitement les métadonnées d’une vidéo ou d’une page web
- pouvoir annoter et surligner une page web capturée
- reste un outil libre dont les améliorations sont régulières
- pouvoir créer une chronologie de publications sur un schéma de type frise
- pouvoir alimenter sa bibliothèque avec une application Android qui scanne des codes-barres
- bénéficie d’une interface et d’un support en ligne en plusieurs langues, dont le français
- peut être installé sur une clé USB
- permet de vérifier depuis l’application si un article est disponible via les abonnements électroniques de l’Ecole des Ponts
Conclusion et références
Rappelons que ce qui vient d’être présenté en termes d’outils n’est qu’un petit aperçu de ce qui est mis à disposition des chercheurs pour échanger des données et des idées. Le pôle IST de la Direction de la Documentation de l’Ecole des Ponts est à votre disposition pour vous guider dans le choix et la mise en œuvre de ces plateformes et pourquoi pas dans la construction d’une identité numérique sur le web.
La présence et l’activité sur ces sites spécialisés feront sans nul doute partie des futures mesures d’évaluation d’une publication, reléguant h-index, impact factor et autre calcul de citations au rang des fausses bonnes idées. Vous connaissez peut-être déjà l’onglet « Metrics » présenté pour chaque article sur PLoS (exemple) et qui livre d’ores et déjà des indications bien différentes des données classiques du Web of Science.
Signalons enfin le projet Altmetrics (pour ALTernative metrics) dont les outils de mesure s’inscrivent dans cette nouvelle manière d’évaluer la production scientifique et reposent sur une analyse de la dissémination de l’information dans les réseaux sociaux.
Nous aurons l’occasion d’aborder cette question dans les newsletters à venir, d’ici là, vous pouvez tester un de ces outils avant-gardistes, Total-Impact, avec un simple copier-coller du DOI d'une de vos publications dans le champ de recherche.
 
 
 
Références

Courrier International. 2012. “Dossier Sciences : Tous Chercheurs.” Courrier International n°1113 - mars 2012. Disponible ici.

Terras, Melissa. 2012. “Is Blogging and Tweeting About Research Papers Worth It? The Verdict.”. Disponible ici.
 
A consulter aussi ici : différents tableaux comparatifs des fonctionnalités d’outils de gestion de références bibliographiques sur Wikipedia 
Retour sur l’actualité de l’Open Access
Ces derniers mois ont été marqués par 3 faits marquants dans l’actualité de l’Open Access :
- aux Etats-Unis, une pétition demandant l’accès gratuit aux résultats de la recherche financée par l’Etat a recueilli, sur le site de la Maison Blanche, les 25 000 signatures requises en moins d’un mois pour que l’administration américaine soit contrainte de donner une réponse.
- en Grande-Bretagne, le gouvernement a confié à Jimmy Wales, co-fondateur de Wikipedia, la réalisation d’un projet de plateforme en ligne permettant d’accéder gratuitement à tous les résultats de la recherche financée par l’Etat.
- un nouvel éditeur, PeerJ,  propose une “cotisation” de 99$ pour publier à vie sur sa plateforme en ligne. Cette société est co-fondée par Peter Binfield, l’un des acteurs clés de l’Open Access et de PLoS.
 
 
Pôle IST de la Direction de la Documentation, des Archives et du Patrimoine
Frédérique Bordignon (01 64 15 34 62 -  @freddie2310)
Florence Rivière (01 64 15 34 14)