Stephan van de Wijgert studeerde orgel aan de Hogeschool voor de Kunsten te Utrecht. In 1998 deed hij het examen Docerend Musicus en in 2001 behaalde hij het Tweede fase diploma. Zijn orgeldocenten waren Véronique van den Engh, Jan Raas, Reitze Smits, Matteo Imbruno en Jan Welmers. Hij volgde verscheidene masterclasses en was prijswinnaar op het Sweelinck-concours in 2007. Vanaf 2008 is hij als organist verbonden aan de kerk De Duif gelegen aan de Prinsengracht te Amsterdam. In opdracht van Stadsherstel Amsterdam, eigenaar van De Duif, werd het Smits-orgel uit 1862/ 1880 geheel gerestaureerd. Stephan van de Wijgert werd vervolgens aangesteld als vaste organist met als voornaamste taken: het organiseren van bespelingen bij verscheidene evenementen, in het bijzonder de serie “Zondagmiddag-Orgelconcerten in de Duif”, die jaarlijks zo’n 25 concerten omvat. De cd die Stephan maakte op het Smitsorgel van de Duif in 2013 is zeer goed ontvangen. Zo kreeg de cd opname in het klassieke muziektijdschrift ‘Luister’ als beoordeling het cijfer 10. Stephan van de Wijgert is bestuurslid van de stichting Willibrordus-orgel van de kathedrale basiliek Sint Bavo in Haarlem en sinds januari van dit jaar is Stephan artistiek leider van de werkgroep Berne abdijconcerten.